マイナポータルでは、病院や薬局を利用した際の医療費通知情報を確認できます。
ところが実際に確認してみると、
「先月病院へ行ったのに医療費が表示されない」
「薬局で支払った金額が反映されていない」
「家族の医療費が出てこない」
など、実際に支払った医療費と表示内容が合わないことがあります。
確定申告で医療費控除をするために確認している場合は、表示されない医療費をそのまま申告から外してよいのかも気になるところです。
マイナポータルの医療費通知情報には更新時期があり、さらに、そもそも表示対象にならない医療費もあります。
この記事では、マイナポータルで医療費を確認できないのはなぜなのか、表示されない・反映されない原因と対処法を解説します。
マイナポータルの医療費はすぐ反映されるわけではない

結論からいうと、病院や薬局で支払った医療費は、支払った直後にマイナポータルへ反映されるわけではありません。
マイナポータル公式によると、医療費通知情報は毎月11日に前々月診療分が更新されます。
たとえば次のようになります。
| 診療した月 | 原則として確認できる時期 |
|---|---|
| 1月 | 3月11日以降 |
| 2月 | 4月11日以降 |
| 3月 | 5月11日以降 |
| 6月 | 8月11日以降 |
| 10月 | 12月11日以降 |
| 11月 | 翌年1月11日以降 |
| 12月 | 翌年2月11日以降 |
つまり、10月4日に9月分の医療費を確認しても、まだ表示されていなくても不思議ではありません。
「病院でマイナ保険証を使ったのだから、その日のうちにマイナポータルへ表示される」と考えないようにしましょう。
確定申告用の1年分の医療費情報は原則2月9日に取得できる
医療費控除の確定申告に利用する場合は、通常の更新日とは別に覚えておきたい日があります。
マイナポータル公式では、確定申告に利用するための1年間分の医療費通知情報(XMLデータ)について、例年、原則として2月9日に前年1月~12月分を一括取得できるようになると案内しています。
たとえば2026年分の医療費について確定申告する場合は、2027年2月に前年12月分までそろうという流れです。
そのため、年が明けてすぐに、
「12月に病院へ行ったのにマイナポータルにない」
という場合は、単に更新時期が来ていない可能性があります。
確定申告で利用する場合は、対象年の12月分まで取得可能になっているか確認しましょう。
マイナポータルで確認できる医療費は2021年9月以降
マイナポータルの医療費通知情報では、2021年9月以降に保険医療機関・保険薬局の窓口で支払った、公的医療保険に係る医療費を確認できます。
確認できる主な情報には、
- 受診した人
- 診療年月
- 医療機関・薬局の名称
- 医療費の総額
- 窓口負担相当額
- 医療費控除の対象となるかを判断するための情報
などがあります。
一方で、医療費控除の対象になる支出がすべてマイナポータルへ表示されるわけではありません。
ここが「払った医療費が表示されない」と感じる大きな原因です。
マイナポータルに表示されない医療費がある

マイナポータルの医療費通知情報は、保険医療機関や保険薬局から審査支払機関へ提出された診療・調剤報酬明細書などをもとに作成されています。
そのため、審査支払機関で取り扱われない費用などは表示されません。
代表例をまとめると次のとおりです。
| 医療費 | マイナポータルへの表示 |
|---|---|
| 一般的な保険診療 | ○ |
| 保険薬局での保険調剤 | ○ |
| 自由診療 | × |
| 差額ベッド代 | × |
| ドラッグストアで購入した薬 | × |
| はり・きゅう | × |
| あんま・マッサージ・指圧 | × |
| 整骨院・接骨院の柔道整復療養費 | × |
| 治療用コルセットなどの療養費 | × |
| 高額療養費として後から支給された金額 | 表示対象外となる情報あり |
マイナポータルに表示されないからといって、必ずしも「医療費として認められていない」という意味ではありません。
マイナポータルの医療費通知情報の対象かどうかと、税法上の医療費控除の対象かどうかは別に判断する必要があります。
自由診療は表示されない
保険を使わず全額自己負担した自由診療は、マイナポータルの医療費通知情報には原則として表示されません。
たとえば、
- 保険適用外の治療
- 一部の歯科治療
- 保険適用外の検査
- 美容目的の診療
などです。
ただし、「自由診療だから医療費控除もすべて対象外」という意味ではありません。
医療費控除では、治療目的か美容・予防目的かなどによって対象になるか判断されます。
マイナポータルに表示されない医療費を確定申告する場合は、領収書などをもとに確認してください。
ドラッグストアで買った薬は表示されない
ドラッグストアや薬局で市販薬を購入しても、その購入費用はマイナポータルの医療費通知情報には表示されません。
マイナポータル公式も、ドラッグストアで購入した薬の費用は医療費通知情報の取得対象外と案内しています。
一方、病院で処方を受け、保険薬局で調剤された薬については、公的医療保険に係る医療費として表示対象になります。
つまり、
病院でもらった処方箋による保険調剤
と、
自分でドラッグストアから購入した市販薬
では扱いが異なります。
市販薬の購入費が医療費控除やセルフメディケーション税制の対象になる場合は、レシートなどを保管して別途確認しましょう。
整骨院・接骨院の費用が表示されないことがある

整骨院や接骨院へ通院したのに、医療費がマイナポータルに出てこないこともあります。
マイナポータル公式では、整骨院・接骨院で受けた柔道整復療養費は医療費通知情報に表示されないものとして案内しています。
同様に、
- はり
- きゅう
- あんま
- マッサージ
- 指圧
などの施術費用も表示対象外です。
これらについても、マイナポータルに表示されないことだけを理由に医療費控除の対象外と判断しないでください。
医療費控除の要件を満たす費用であれば、領収書などをもとに申告します。
医療機関からの請求が遅れると反映も遅れる
更新日を過ぎているのに医療費が表示されない場合は、医療機関や薬局からの請求が遅れている可能性もあります。
マイナポータルの医療情報は、医療機関等から提出された診療・調剤報酬明細書をもとにしています。
そのため、医療機関や薬局から期日より遅れて請求された場合は、予定されていた更新日に間に合わず、次回更新日以降に表示されることがあります。
たとえば、
「同じ月に2つの病院へ行ったのに片方しか表示されない」
というケースでも、一方の医療機関の請求が遅れている可能性があります。
すぐに「データが消えた」と判断せず、次回更新後も確認してみましょう。
電子請求されていない場合は表示されないことがある
医療機関や薬局側の請求方法によっても、情報が表示されない場合があります。
マイナポータル公式では、診療・薬剤情報について、保険医療機関・保険薬局の請求方法が電子請求ではない場合は表示されないと案内しています。
利用者側では、
「健康保険を使って病院に行った=必ずマイナポータルに出る」
と思いやすいところですが、情報が作成される仕組み上、表示されないケースがあります。
更新時期を十分過ぎても特定の医療機関だけ表示されない場合は、医療機関へ確認してください。
転職・退職などで健康保険が変わった直後は確認できないことがある

転職や退職、扶養への加入などによって健康保険が変わった場合は、一時的に医療費通知情報を確認できないことがあります。
マイナポータル公式によると、医療保険の資格が変わった場合、新しい保険者が資格情報をシステムへ登録します。
その作業には一定の期間が必要です。
そのため、
- 転職して健康保険が変わった
- 退職して国民健康保険へ加入した
- 家族の扶養へ入った
- 扶養から外れた
などのタイミングでは、資格情報や医療費通知情報などを一時的に閲覧できない場合があります。
また、保険者が情報の正確性を確認している間、医療情報の閲覧が停止されることもあります。
長期間確認できない場合は、現在加入している健康保険の保険者へ問い合わせましょう。
以前の健康保険の医療費が表示されない場合
転職などで保険者が変わった場合は、現在の健康保険だけでなく、以前加入していた健康保険の医療費情報が確認できないこともあります。
マイナポータル公式では、以前加入していた医療保険についても、保険者による情報確認作業などの影響で、過去の資格情報や医療情報の閲覧が停止される場合があるとしています。
確定申告のために前年の医療費を確認していて、
「前の会社にいた時期だけ医療費が出てこない」
という場合は、以前加入していた健康保険の保険者へ確認してください。
会社員時代であれば健康保険組合や協会けんぽなど、加入していた保険によって問い合わせ先が異なります。
家族の医療費は自分の画面へ自動表示されない
健康保険組合などから届く「医療費のお知らせ」には、被扶養者である家族の医療費もまとめて記載されていることがあります。
その感覚でマイナポータルを見ると、
「妻や子どもの医療費がない」
と感じることがあります。
しかし、マイナポータルの医療費通知情報では、家族分が自動的に本人の情報へまとめて表示される仕組みではありません。
家族の医療費通知情報を確認する場合は、マイナポータルの代理人設定を利用できます。
家族分も含めて医療費控除を申告する場合は、本人分だけを見て「これで全部」と判断しないようにしましょう。
家族の医療費をマイナポータル連携で取得する方法
確定申告で家族分の医療費通知情報も取得したい場合は、事前にマイナポータルで代理人設定を行います。
たとえば夫が確定申告を行い、
- 夫
- 妻
- 子ども
の医療費をまとめて医療費控除へ含める場合、条件を満たせば代理人設定によって家族の医療費通知情報を取得できます。
ただし、代理人設定をすれば、家族のすべての医療費が必ず表示されるわけではありません。
自由診療や柔道整復療養費など、そもそも医療費通知情報の対象外である費用については、家族分でも表示されません。
マイナポータルで医療費を確認する方法

医療費通知情報は、マイナポータルの**「健康・医療」**から確認できます。
基本的には、
- マイナポータルへログイン
- 「健康・医療」を開く
- 「医療費」を選択
- 確認したい期間を指定
- 医療費通知情報を取得・確認
という流れです。
情報取得には通常少し時間がかかります。
マイナポータル公式では、医療費通知情報などの情報取得について、通常は10~20秒程度で照会先システムから取得・表示されると案内しています。
すぐ表示されなくても、数秒程度は待ってみましょう。
医療費を確認できる時間帯にも注意する
医療費通知情報は、常にすべての処理を利用できるとは限りません。
マイナポータル公式によると、「健康・医療」の医療費などについて、システム稼働時間は原則として、
午前6時~翌午前3時
です。
また、原則第3日曜日に計画停止があります。
2回目以降の取得では24時間取得可能とされていますが、別途システムメンテナンスが実施される場合もあります。
そのため、
「昨日は見られたのに今日は取得できない」
という場合は、マイナポータルの障害・メンテナンス情報も確認してください。
時間を空けて再度取得すると解消することがあります。
「E1723100」と表示されて医療費を取得できない場合
確定申告などで医療費通知情報のXMLデータを取得しようとした際、
「エラーコード:E1723100 処理中にエラーが発生しました。」
と表示される場合があります。
マイナポータル公式によると、このエラーは、マイナポータルの利用設定が正しく完了していないため情報を確認できない場合に表示されます。
この場合は、
- マイナポータルへログイン
- ホームタブの**「健康保険証」**を開く
- 最新の健康保険証情報を確認する
- 情報を取得して利用設定を完了する
- 再度、医療費通知情報を取得する
という方法が案内されています。
それでも解消しない場合は、手元の領収書や医療費通知を使って医療費控除の申告を行うこともできます。
マイナ保険証を使わなかった医療費は表示されない?

ここは誤解しやすいポイントです。
医療費通知情報は、単純に、
「病院でマイナンバーカードを保険証として使った履歴」
を表示しているわけではありません。
保険医療機関や保険薬局から審査支払機関へ提出された診療・調剤報酬明細書をもとに作成されています。
そのため、
「マイナ保険証を使わなかったから、それだけを理由に医療費通知情報に載らない」
と判断するのは適切ではありません。
重要なのは、公的医療保険を利用した診療であり、医療費通知情報の対象となる形で情報が処理されているかどうかです。
マイナポータルの金額と実際に払った金額が違う場合
医療費は表示されているものの、病院で実際に支払った金額と数円違う場合があります。
これも必ずしも誤りではありません。
医療機関・薬局の窓口で支払う金額は10円単位で算出される一方、マイナポータルの医療費通知情報では1円単位で記載される場合があります。
そのため、窓口で3,000円支払ったのに、マイナポータル上の窓口負担相当額が数円異なるといったことがあります。
国税庁では、このような場合、
- 医療費通知情報の窓口負担相当額
- 窓口で実際に支払った金額
のどちらを使って医療費控除を計算しても差し支えないとしています。
公費負担などが正しく反映されていない場合もある
単なる端数ではなく、実際の自己負担額と大きく違う場合は注意してください。
国税庁とマイナポータルでは、公費負担医療制度や減額査定などの情報が医療費通知情報へ反映されない場合があると案内しています。
この場合は、手元の領収書などを確認して、
- 実際に支払った医療費
- 保険などで補てんされた金額
を正しく入力します。
確定申告で実際の支払額を補完入力する場合は、該当する医療費の領収書を保存しておきましょう。
マイナポータルに表示されない医療費も医療費控除に追加できる
確定申告で特に重要なのがこの点です。
マイナポータルに表示されていない医療費でも、医療費控除の対象となる費用であれば申告できます。
国税庁は、マイナポータル連携で取得できない医療費がある場合、確定申告書等作成コーナーの医療費控除画面から追加で入力するよう案内しています。
たとえば、
- マイナポータルに含まれない保険診療
- 医療費控除の対象になる自由診療
- 対象となる市販薬
- 対象となる通院費
- 対象となる施術費
などがあれば、領収書などをもとに追加入力します。
「マイナポータルに表示された金額だけで医療費控除を計算しなければならない」わけではありません。
表示されない医療費を追加入力する方法

確定申告書等作成コーナーでマイナポータル連携を利用している場合でも、取得できなかった医療費を追加できます。
国税庁では、
「控除等入力」→「医療費控除」
から追加する方法を案内しています。
大きく分けると、
紙の医療費通知がある場合
「医療費通知を入力する」
から必要な金額などを入力します。
領収書などから入力する場合
「医療費の領収書等を入力する」
から個別に入力します。
マイナポータルから取得した医療費通知情報と、手入力した医療費を組み合わせて申告できます。
表示されない医療費の領収書は保管する
マイナポータル連携で取得した医療費通知情報だけを利用する場合と、自分で領収書から追加入力する場合では、領収書の扱いにも違いがあります。
国税庁では、領収書に基づいて医療費控除の明細書を作成する場合、医療費の領収書を確定申告期限等から5年間保存する必要があると案内しています。
そのため、
「マイナポータルに載っていないから領収書は捨ててよい」
とは考えないようにしてください。
特に、
- 自由診療
- 市販薬
- 通院交通費
- マイナポータルに反映されなかった医療費
などを申告する可能性がある場合は、領収書や記録を保管しておきましょう。
医療費通知情報がまったく表示されない場合
一部ではなく、医療費通知情報そのものを確認できない場合は、次の点を確認してください。
健康保険の資格情報を確認する
転職・退職などで保険が変わった直後なら、新しい資格情報の登録に時間がかかっている可能性があります。
マイナポータルの**「健康保険証」**から現在の資格情報を確認してください。
初回利用設定を確認する
医療費通知情報の取得でE1723100などが出る場合は、「健康保険証」から最新情報を取得して利用設定を完了します。
利用時間を確認する
初回取得などではシステム稼働時間の影響を受ける場合があります。
午前6時~翌午前3時を目安に確認し、メンテナンス中であれば時間を空けます。
障害・メンテナンス情報を確認する
一時的にマイナポータル側や連携先で障害が発生する場合もあります。
公式の障害・メンテナンス情報を確認してください。
更新日を過ぎても医療費が表示されない場合の対処法

「前々月分だから、もう表示されるはずなのに出てこない」という場合は、次の順番で確認しましょう。
- 診療月を確認する
- 毎月11日の更新日を過ぎているか確認
- 保険診療だったか確認
- 表示対象外の医療費ではないか確認
- 次回更新日まで待って再確認
- 健康保険を変更した直後ではないか確認
- マイナポータルの資格情報を確認
- 障害・メンテナンスを確認
- 特定の病院だけ表示されなければ医療機関へ確認
- 保険資格関係なら加入している保険者へ確認
マイナポータル公式では、公的医療保険の対象であるにもかかわらず医療費通知情報に含まれていない場合など、表示結果の内容については該当する医療機関へ問い合わせるよう案内しています。
医療費を確認できない場合の問い合わせ先
原因によって問い合わせ先が変わります。
| 状況 | 主な問い合わせ先 |
|---|---|
| 特定の診療が表示されない | 受診した医療機関・薬局 |
| 健康保険変更後に見られない | 加入している保険者 |
| 過去の保険加入時の情報がない | 以前加入していた保険者 |
| マイナポータルの操作方法 | マイナポータル |
| 確定申告の入力方法 | 国税庁・税務署 |
| システムエラー | マイナポータルの障害情報を確認 |
どこへ問い合わせるべきか分からない場合は、まず「医療費そのものがない」のか、「健康保険の資格情報を取得できない」のか、「マイナポータルの操作ができない」のかを切り分けましょう。
FAQ

先月の医療費が表示されないのはなぜ?
医療費通知情報はリアルタイム更新ではありません。
マイナポータル公式では、毎月11日に前々月診療分を更新すると案内しています。
先月分は、通常まだ反映されていません。
12月分が1月に表示されないのはおかしい?
おかしいとは限りません。
12月診療分は原則として翌年2月11日の更新対象です。
確定申告に利用する1年分の医療費通知情報については、例年、原則2月9日から前年1~12月分を一括取得できます。
マイナポータルにない医療費は医療費控除できない?
そのようなことはありません。
マイナポータルに表示されない医療費でも、税法上の医療費控除の要件を満たせば申告できます。
領収書などをもとに確定申告書等作成コーナーで追加入力してください。
家族の医療費が表示されないのはなぜ?
マイナポータルでは、健康保険の「医療費のお知らせ」のように被扶養者分が自動的にまとめて表示されるわけではありません。
家族の医療費通知情報は、代理人設定によって確認できる場合があります。
病院でマイナ保険証を使わなかったから表示されない?
マイナ保険証を使わなかったことだけを理由に表示対象外になるわけではありません。
医療費通知情報は、医療機関・薬局から審査支払機関へ提出された診療・調剤報酬明細書をもとに作成されています。
まとめ
マイナポータルで医療費を確認できない場合、まず知っておきたいのは、病院や薬局で支払った医療費がリアルタイムで反映されるわけではないことです。
- 医療費通知情報は毎月11日に前々月診療分が更新される
- 確定申告用の1年分のXMLデータは例年原則2月9日に取得可能
- 2021年9月以降の公的医療保険に係る医療費が対象
- 自由診療や差額ベッド代などは表示されない
- ドラッグストアで購入した薬は表示されない
- はり・きゅうや柔道整復療養費なども表示対象外
- 医療機関の請求が遅れると次回更新以降になる場合がある
- 電子請求されていない場合は表示されないことがある
- 転職・退職などで健康保険が変わった直後は一時的に確認できない場合がある
- 家族の医療費は自分の画面へ自動的にまとめて表示されない
- マイナポータルの金額と実際の支払額が数円異なる場合がある
- 公費負担などが反映されていない場合もある
- マイナポータルに表示されない医療費でも医療費控除の対象になる場合がある
- 表示されない医療費は領収書などから追加入力できる
特に確定申告で利用する場合は、「マイナポータルに表示されている医療費=その年に支払った医療費のすべて」ではない点に注意してください。
マイナポータル連携で取得した情報を確認したうえで、表示されていない医療費があれば領収書などを確認し、医療費控除の対象になるものを追加して申告しましょう。
