確定申告や年末調整のためにマイナポータル連携を設定したものの、必要な控除証明書が取得できないことがあります。
「生命保険料控除証明書が表示されない」
「連携したはずなのに『未完了』のまま」
「e-Taxで控除証明書を取得できない」
など、どこに問題があるのか分からず困る人もいるでしょう。
マイナポータル連携では、マイナポータルだけでなく、生命保険会社などの証明書発行元やe-私書箱・ねんきんネット・e-Taxなどの外部サービスが関係します。
そのため、「マイナポータルとの連携が完了した=すぐすべての控除証明書を取得できる」というわけではありません。
この記事では、マイナポータルで控除証明書を取得できない原因や、表示されない・連携できない時の対処法を解説します。
マイナポータルで控除証明書を取得できない時は連携状況と発行状況を確認する

マイナポータルで控除証明書を取得できない場合は、まず証明書の発行元がマイナポータル連携に対応しているか、事前準備と電子発行手続きが完了しているかを確認しましょう。
マイナポータル連携を利用して控除証明書等のデータを取得するには、原則として証明書の発行主体がマイナポータル連携に対応している必要があります。
さらに、証明書によっては、
マイナポータル → 民間送達サービス等 → 保険会社などの発行元
という複数の連携が必要です。
マイナポータルの「年末調整の事前準備」で**「未完了」**と表示されている場合は、主に次のいずれかの状態です。
| 状態 | 考えられる原因 |
|---|---|
| 未完了 | マイナポータルと外部サービスが未連携 |
| 未完了 | 外部サービスと証明書発行元が未連携 |
| 未完了 | 発行元で電子発行手続きをしていない |
| 未完了 | 証明書の発行待ち |
| 準備完了 | マイナポータル連携で取得できる状態 |
| ステータス表示なし | マイナポータル上で準備状況を確認できない証明書 |
そのため、控除証明書が取得できないからといって、すぐにマイナポータルの不具合と判断しないことが大切です。
マイナポータル連携で取得できる主な控除証明書
マイナポータル連携では、確定申告や年末調整に必要となるさまざまな証明書等を取得できます。
確定申告では、たとえば次の情報が対象です。
- 生命保険料控除証明書
- 地震保険料控除証明書
- 国民年金保険料などの社会保険料控除証明書
- iDeCoの掛金情報
- 寄附金受領証明書(ふるさと納税など)
- 住宅ローン控除関係
- 医療費通知情報
- 特定口座年間取引報告書
- 給与所得の源泉徴収票など
ただし、すべての保険会社・金融機関・証券会社などの証明書を無条件で取得できるわけではありません。
証明書の種類によっては、発行元がマイナポータル連携に対応していることが必要です。
契約している保険会社などがマイナポータル連携に対応していない
生命保険料控除証明書などが表示されない場合、最初に確認したいのが発行元の対応状況です。
国税庁は、**「マイナポータル連携可能な控除証明書等発行主体一覧」**を公開しています。
生命保険会社、損害保険会社、証券会社、銀行、ふるさと納税関係など、対応する発行主体を確認できます。
たとえば生命保険料控除証明書を取得したい場合でも、契約している保険会社が対応していなければ、その証明書をマイナポータル連携で取得することはできません。
まず、
- 国税庁の対応一覧を開く
- 利用している保険会社などを探す
- マイナポータル連携への対応状況を確認する
という順番で確認してください。
対応していない場合は、紙の控除証明書や、発行元から提供される別の電子データなどを利用します。
マイナポータルの事前準備が終わっていない

マイナポータル連携は、マイナンバーカードでログインしただけで自動的にすべての控除証明書が集まる仕組みではありません。
初めて利用する場合は、事前準備が必要です。
国税庁では、マイナポータル連携の事前準備について、一部の証明書等を除き、基本的には初めて利用するときの1回のみ必要と案内しています。
翌年以降、取得する証明書等が増えなければ、改めて同じ事前準備をする必要はありません。
ただし、
「去年マイナポータル連携を使ったから、今年新しく契約した保険も自動的に追加される」
とは限りません。
新しい証明書を取得する場合は、必要な連携設定を確認してください。
「未完了」と表示される原因
マイナポータルの「年末調整の事前準備」では、証明書ごとに準備状況を確認できます。
「未完了」と表示されている場合、マイナポータル公式では主に次の4つの状態を案内しています。
マイナポータルと民間送達サービス等が連携されていない
控除証明書によっては、
- e-私書箱
- ねんきんネット
- e-Tax
などのサービスを経由します。
マイナポータルと必要な外部サービスとの連携が完了していなければ、証明書を取得できません。
民間送達サービスと発行元が連携されていない
マイナポータルとe-私書箱などを連携しただけでは完了しない場合があります。
さらに、
e-私書箱などの民間送達サービス ↔ 保険会社などの証明書発行元
を連携する必要があります。
「e-私書箱とは連携済みなのに生命保険料控除証明書が出ない」という場合は、保険会社との連携状況も確認してください。
発行元で電子発行手続きをしていない
保険会社などとの連携が済んでいても、発行元側で控除証明書の電子発行手続きが必要な場合があります。
マイナポータルの連携設定だけを済ませて、発行元側の設定をしていないケースです。
「証明書等発行サイトと連携する」画面から、必要な発行設定を確認してください。
証明書がまだ発行されていない
必要な設定がすべて完了していても、発行元がまだ証明書を発行していなければ「未完了」になる場合があります。
この場合は設定ミスではありません。
証明書が発行されるまで待ちます。
連携した直後は控除証明書を取得できない場合がある
事前準備をすべて済ませても、すぐ控除証明書を取得できるとは限りません。
国税庁は、
控除証明書等の発行主体によっては、マイナポータル連携の事前準備が完了してから実際にデータを取得できるようになるまで数日かかる場合がある
と案内しています。
つまり、
「連携完了 → すぐ確定申告画面に表示」
になるとは限りません。
連携した当日に表示されない場合は、すぐ設定をやり直すのではなく、発行元の案内を確認しましょう。
数日経過しても取得できない場合は、保険会社や証券会社などに、
控除証明書のデータがマイナポータルまたは民間送達サービスへ格納されているか
を確認します。
控除証明書が発行される時期になっていない

控除証明書ごとに取得できる時期は異なります。
国税庁でも、各控除証明書等の取得可能な時期は発行主体によって異なると案内しています。
そのため、前年は表示されていた証明書が今年まだ表示されない場合でも、単に発行時期になっていない可能性があります。
特に年末調整の時期よりかなり早く確認している場合は注意しましょう。
発行時期が分からない場合は、保険会社・金融機関・証券会社など、証明書を発行する事業者へ確認してください。
「準備完了」なのに確定申告で取得できない場合
マイナポータル側で**「準備完了」**になっているのに、確定申告書等作成コーナーで取得できない場合もあります。
まず、証明書が実際に発行されているか確認してください。
国税庁では、事前準備完了後も取得できない場合について、
生命保険会社や証券会社などの発行主体へ、証明書等がマイナポータルまたは民間送達サービス等に格納されているか確認する
よう案内しています。
また、確定申告書等作成コーナーでマイナポータル連携を利用する際には、マイナンバーカードなどを使った本人確認や連携操作も必要です。
「準備完了」と「確定申告書への取り込み完了」は同じ意味ではありません。
マイナンバーカードの電子証明書を更新した直後
最近マイナンバーカードの電子証明書を更新・再発行した場合も注意してください。
マイナポータル公式では、控除証明書を取得しようとして、
「エラーコード:E1710010 処理中にエラーが発生しました。」
と表示されるケースについて案内しています。
市区町村窓口で、
- 電子証明書を更新した
- 電子証明書を再発行した
- その他の電子証明書関係の手続きをした
場合、しばらくの間、控除証明書を取得できないことがあります。
電子証明書の手続きをした直後に突然取得できなくなった場合は、連携を削除して最初から設定し直す前に、反映まで時間が必要なケースを確認してください。
「証明書が表示されない」と「XMLを開けない」は別の問題

マイナポータルの「お知らせ」に控除証明書が届いているのに、
「ファイルを押しても証明書を普通に見ることができない」
という場合があります。
これは、控除証明書を取得できていないとは限りません。
マイナポータルに届く控除証明書等のXMLファイルは、確定申告や年末調整でデータを自動入力するための電子データです。
一般的なPDFのように、そのまま書面として閲覧することを目的としたファイルではありません。
| 状況 | 意味 |
|---|---|
| 証明書そのものが届いていない | 取得・連携・発行状況を確認 |
| XMLファイルは届いている | 証明書データは届いている可能性が高い |
| XMLを開いても普通に読めない | 仕様上そのまま閲覧できない場合がある |
「XMLが読めない=証明書を取得できていない」と判断しないようにしましょう。
XML形式の控除証明書の内容を確認する方法
電子ファイルの内容を確認する方法は、証明書の差出人や利用しているサービスによって異なります。
e-私書箱の場合
マイナポータル公式では、e-私書箱を利用している場合、該当するお知らせを開き、e-私書箱の「プレビュー」機能などで確認できる場合があると案内しています。
確認できなければ、証明書の発行元へ問い合わせます。
国税庁の場合
差出人が国税庁の場合は、お知らせ詳細画面の**「関連ページ」**から「外部サイトとの連携」へ進み、e-Taxへログインして確認します。
住宅借入金等特別控除証明書などが該当します。
日本年金機構の場合
日本年金機構から届いた証明書等については、
マイナポータル「おかね」→「年金」→ねんきんネット→「通知書を確認する」
から確認します。
証明書によって確認場所が異なる点に注意してください。
住宅ローン控除の証明書が表示されない場合
住宅ローン控除関係では、ほかの控除証明書とは確認するポイントが異なる場合があります。
マイナポータルの「年末調整の事前準備」では、住宅ローン控除関係として、
- 住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書
- 住宅借入金等特別控除証明書
などがあります。
住宅借入金等特別控除証明書については、e-Taxとの連携が必要です。
マイナポータル公式では、
- 「年末調整の事前準備」を開く
- e-Taxと連携する
- e-Taxのステータスが「完了」になったことを確認する
- 「住宅借入金等特別控除証明書」の「未完了」が消える
- e-Taxで証明書が発行される
- 証明書を取得できる状態になる
という流れを案内しています。
なお、住宅借入金等特別控除証明書は、国税庁によるとデータでの交付を希望した人がマイナポータル連携で取得できる対象です。
住宅ローンの年末残高等証明書が取得できない場合

住宅ローンの年末残高等証明書・年末残高等情報については、金融機関側の対応状況も関係します。
現在は住宅ローン控除について、金融機関が税務署へ年末残高情報を提出する**「調書方式」**があります。
国税庁では、マイナポータル連携で年末残高等情報を取得する場合、利用している金融機関が調書方式に対応している必要があると案内しています。
住宅ローン控除関係だけ取得できない場合は、
- e-Taxとの連携
- 証明書の電子交付状況
- 金融機関の対応状況
を確認しましょう。
国民年金の控除証明書が表示されない場合
国民年金保険料の社会保険料控除証明書は、日本年金機構が発行します。
マイナポータルでは、ねんきんネットとの連携が関係します。
年金関係の証明書が取得できない場合は、
- マイナポータルへログイン
- ねんきんネットとの連携状況を確認
- 証明書の発行状況を確認
- ねんきんネット側の通知書を確認
という順番で確認しましょう。
発行方法や発行状況そのものについて不明な場合は、日本年金機構へ問い合わせます。
生命保険料控除証明書が表示されない場合
生命保険料控除証明書が取得できない場合は、次の順番で確認すると原因を切り分けやすくなります。
- 生命保険会社がマイナポータル連携に対応しているか
- マイナポータルとe-私書箱などを連携しているか
- e-私書箱などと生命保険会社を連携しているか
- 保険会社側で電子発行手続きをしているか
- 控除証明書がすでに発行されているか
- 連携手続きから十分な時間が経過しているか
特に、
「マイナポータルとe-私書箱を連携したから全部終わった」
と思っている場合は注意してください。
保険会社との連携や電子発行設定が残っている可能性があります。
ふるさと納税の証明書が取得できない場合
ふるさと納税などの寄附金控除についても、マイナポータル連携で寄附金受領証明書等を取得できる場合があります。
ただし、利用した事業者などがマイナポータル連携に対応している必要があります。
ふるさと納税の情報だけ表示されない場合は、国税庁のマイナポータル連携可能な控除証明書等発行主体一覧で対応状況を確認してください。
対応していない場合やデータを取得できない場合でも、確定申告そのものができなくなるわけではありません。
必要な寄附金控除情報を別の方法で入力して申告できます。
家族の控除証明書が取得できない場合

確定申告では、自分だけでなく家族分の医療費や保険料などを申告に含めることがあります。
しかし、自分のマイナポータルへログインしただけで、家族の控除証明書等が自動的にすべて表示されるわけではありません。
国税庁では、
事前にマイナポータルで代理人登録を行うことで、申告に含める家族の証明書等を取得できる場合がある
と案内しています。
家族分については、
- 医療費
- 社会保険料
- 生命保険料
- 地震保険料
など、一部の証明書等で代理取得を利用できます。
「自分の分は取得できるのに妻や子どもの分だけ表示されない」という場合は、代理人設定を確認してください。
家族がマイナンバーカードを持っていない場合
家族の控除証明書等をマイナポータル連携で取得したい場合でも、その家族がマイナンバーカードを持っていないことがあります。
マイナポータル公式では、家族がマイナンバーカードを持っておらず、マイナポータルからデータを取得できない場合について、
控除証明書等の内容を直接入力するか、税務署で手続きする
よう案内しています。
マイナポータル連携を使えないからといって、その控除を確定申告で申告できないという意味ではありません。
証明書を確認し、必要な内容を直接入力する方法があります。
医療費が全部表示されない場合
確定申告で医療費控除を利用するときも、マイナポータル連携で医療費通知情報を取得できます。
ただし、すべての医療費が必ず取得できるわけではありません。
国税庁では、令和3年9月以降の保険診療分の医療費情報を取得できると案内する一方、
- はり・きゅうなどの施術費
- 接骨院・整骨院の柔道整復療養費
など、取得できない情報もあるとしています。
また、医療費控除では保険診療以外でも一定の要件を満たす費用が対象になる場合があります。
マイナポータルに表示されないからといって、直ちに医療費控除の対象外とは限りません。
領収書などを確認し、必要に応じて別途入力します。
証明書の「準備完了」が表示されない場合

証明書によっては、事前準備画面に**「準備完了」自体が表示されない**場合があります。
マイナポータル公式では、ステータスが何も表示されない証明書について、
マイナポータル上で準備状況を確認できない証明書
と案内しています。
この場合は、証明書の下に表示されている案内に従って手続きや発行状況を確認します。
証明書が発行済みであれば、マイナポータル連携で取得できる状態になっている場合があります。
したがって、
「準備完了と書かれていない=連携失敗」
とは限りません。
「処理中」の場合は手続きを繰り返さない
証明書発行サイトとの連携後、ステータスが**「処理中」**になる場合があります。
これは、連携や発行に必要な処理が進んでいる段階です。
同じ登録操作を何度も繰り返すより、まず発行元の案内やステータスを確認してください。
発行元によっては、データ取得可能になるまで数日かかることがあります。
長期間変わらない場合は、証明書発行元または利用している民間送達サービスへ問い合わせましょう。
確定申告期限までに取得できない場合
マイナポータル連携を利用しようとしているうちに、確定申告期限が近づいてしまう場合もあります。
国税庁は、事前準備が完了しているのに控除証明書等を取得できず、申告期限に間に合わない場合について、
発行主体から交付された紙の控除証明書等を基に申告書を作成し、期限内に提出する
よう案内しています。
マイナポータル連携は確定申告を便利にする仕組みですが、マイナポータル連携を使わなければ申告できないわけではありません。
取得できない状態が続いているなら、期限を過ぎるまで待ち続けるのではなく、紙の証明書などを使った申告も検討しましょう。
マイナポータル連携を使わずに控除証明書のデータを取得する方法もある
国税庁では、控除証明書等の電子データについて、マイナポータル連携による一括取得以外の方法も案内しています。
発行元によっては、
保険会社などのWebサイト → マイページへログイン → 控除証明書等の電子データをダウンロード
という方法で取得できます。
取得したデータを年末調整用ソフトや確定申告書等作成コーナーなどへ取り込むことで、控除額等を自動計算できる場合があります。
つまり、
「マイナポータル連携ができない=電子データを利用できない」
とも限りません。
発行元が別の取得方法を用意していないか確認してみましょう。
控除証明書を取得できない時の問い合わせ先
控除証明書が取得できない場合は、原因によって問い合わせ先が異なります。
| 困っている内容 | 主な問い合わせ先 |
|---|---|
| 証明書が発行されていない | 保険会社・金融機関など発行元 |
| 発行時期が分からない | 証明書発行元 |
| e-私書箱の操作 | e-私書箱 |
| 国民年金の証明書 | 日本年金機構・ねんきんネット |
| e-Taxの操作 | e-Tax・作成コーナーヘルプデスク |
| マイナポータルの操作 | マイナポータル |
| 確定申告の税務相談 | 税務署・国税相談窓口 |
マイナポータルへ問い合わせれば、すべての保険会社の控除証明書の発行状況まで確認してもらえるわけではありません。
証明書そのものの発行方法・発行時期・発行状況については、証明書の発行主体へ問い合わせるのが基本です。
マイナポータルで控除証明書を取得できない時の確認手順
原因が分からない場合は、次の順番で確認すると切り分けやすくなります。
- 取得したい控除証明書の種類を確認する
- 国税庁の一覧で発行元がマイナポータル連携に対応しているか確認
- マイナポータルの事前準備を確認
- e-私書箱・ねんきんネット・e-Taxなどとの連携状況を確認
- 発行元との連携を確認
- 電子発行手続きが必要なら完了させる
- 証明書がすでに発行されているか確認
- 連携直後なら数日待つ
- 電子証明書を更新・再発行した直後でないか確認
- 改善しなければ証明書発行元などへ問い合わせる
特に重要なのは、
「マイナポータルと外部サービスを連携した」
ことと、
「証明書が発行されて取得できる状態になった」
ことを分けて考えることです。
FAQ

マイナポータルと連携したのに控除証明書が表示されないのはなぜ?
連携完了直後は、まだ証明書を取得できない場合があります。
国税庁では、発行主体によっては事前準備完了後、実際にデータを取得できるまで数日かかる場合があると案内しています。
また、発行元側でまだ証明書が発行されていない可能性もあります。
「未完了」と表示されるのは連携に失敗している?
必ずしも失敗ではありません。
マイナポータル公式では「未完了」について、
- 外部サービスとの連携前
- 発行元との連携前
- 電子発行手続き前
- 証明書の発行待ち
などの状態があると案内しています。
どの段階で止まっているのか確認してください。
控除証明書のXMLファイルを開けないのはなぜ?
XMLファイルは、確定申告や年末調整の自動入力などに利用するための電子データです。
通常のPDFのようにそのまま閲覧するためのファイルではありません。
e-私書箱のプレビューやe-Tax、ねんきんネットなど、発行元に応じた方法で内容を確認します。
家族の控除証明書が表示されないのはなぜ?
家族の証明書等を取得する場合は、事前に代理人登録が必要になる場合があります。
また、家族がマイナンバーカードを持っておらずデータを取得できない場合は、証明書の内容を確定申告書へ直接入力する方法があります。
どうしても取得できない場合は確定申告できない?
マイナポータル連携を使えなくても確定申告はできます。
国税庁では、申告期限に間に合わない場合、発行主体から交付された紙の控除証明書等を基に申告書を作成して期限内に提出するよう案内しています。
まとめ
マイナポータルで控除証明書を取得できない場合は、マイナポータルそのものだけでなく、証明書発行元・民間送達サービス・発行時期・電子発行設定などを確認する必要があります。
- 証明書発行元がマイナポータル連携に対応しているか確認する
- 初めて利用する場合は事前準備が必要
- e-私書箱・ねんきんネット・e-Taxなどとの連携が必要な場合がある
- 発行元との連携や電子発行設定が別途必要な場合がある
- 「未完了」は必ずしもエラーではなく発行待ちの場合もある
- 「準備完了」はマイナポータル連携で取得できる状態を示す
- 連携完了後、取得可能になるまで数日かかる場合がある
- 控除証明書ごとに発行・取得可能な時期が異なる
- 電子証明書を更新・再発行した直後は一時的に取得できない場合がある
- XMLファイルが普通に開けなくても取得失敗とは限らない
- 住宅ローン控除はe-Taxや金融機関の対応状況も確認する
- 家族分は代理人登録が必要になる場合がある
- マイナポータル連携が使えなくても紙の証明書などで申告できる
特に、「連携は完了しているのに表示されない」という場合は、発行元で証明書がすでに発行されているかを確認してください。
マイナポータル連携の事前準備が完了しても、発行主体によってはデータを取得できるようになるまで数日かかる場合があります。
確定申告期限が迫っている場合はマイナポータルへの反映だけを待ち続けず、紙の控除証明書や発行元から取得したデータを利用して期限内に申告しましょう。
